自動化立體庫的控制系統是其高效運作的核心，通常由復雜的軟件和硬件組件組成。這個系統負責管理庫存、指導設備動作、優化存儲操作以及與外部系統集成。在硬件方面，控制系統包括中央處理單元、條碼掃描器、無線通信設備、傳感器和執行機構如電機和傳送帶。軟件方面，則包含倉庫管理系統（WMS）、實時操作系統（RTOS）和企業資源規劃（ERP）系統接口。

WMS是自動化立體庫控制系統的大腦，它處理來自ERP系統的訂單，管理庫存數據，監控庫存水平，并作出智能決策來優化倉儲操作。RTOS則負責實時控制和監控設備的運行，確保任務按預定順序準確執行。控制系統通過收集數據來持續改進操作效率，減少錯誤并提升整體性能。自動化立體庫的控制系統還必須具備故障診斷和恢復功能，以確保任何潛在的問題都能迅速得到解決，保持系統穩定運行。通過這些集成的技術，自動化立體庫能夠實現高速、精確和可靠的貨物存取，滿足現代物流中心對效率和準確性的嚴格要求。